え～っと，同星で準優勝の件で特にどうこう言うわけじゃないですが，全然想定してなかったので感想戦です。
まだ，参加２回目なので予選で立ち話中に出てくるキーワードが全くよく分かってなかったんですね。そんなこと気にするより他に準備することがあるって感じでした。
コンピュータ将棋選手権ルール第２２条
順位は、引き分けを 0.5 勝 0.5 敗と換算した上で、次の各号に掲げる順に適用して決定する。
- 勝数の多い者を上位とする。
- ソルコフ（すべての対戦相手の勝星の合計）の多い者を上位とする。
- ＳＢ（負かした相手の勝星の合計）の多い者を上位とする。
- ミディアム（負かした相手の勝星が最高と最低の２人を除いた相手の勝星の合計）の多いものを上位とする。
- 第一号から第四号までで同順位の者の間で行われた対戦について、ＤＢ（勝ち数－負け数）の多い者を上位とする。
- ２次予選については、２次予選シードを１次予選通過者より上位とする。
- 決勝については２次予選通過順位が上位の者を、２次予選については１次予選通過順位が上位の者を上位とする。
- シード順が上位の者を上位とする。
１，勝ち星はいいですね。
２，ソルコフってのは対戦相手の勝ち星の総和です。結果の勝ち負けは関係ないのでスイス式トーナメントでは下位の方が上位と当たるため優位な気がします。それ故，引き分けすると猛烈にポイントが溜まるってのが二次予選のQhapaqです。決勝では総当たりなので全員同点で無関係になります。
３，SBってのが負かした相手の勝ち星合計です。今回のような決勝では同星であるため負けた相手が下位の方が上に来ます。あまり理由が分からなかったのですが，ジャイアントキリングを評価するものだそうです。つまり，下位者が上位者を破った際に高評価するための指数です。今回のような上位者の差異を決める総当たりの決勝に向いているかどうかはよく分かりません。
４，ミディアムですがここまでくるとなんだかよく分かりません。最高と最低を除くのはラッキーパンチを外す的な意味でしょうか？
５，同星で勝ち数ー負け数を評価するということは引き分けの多い方が落ちるわけですね。普通ここまでに差がついているような気がするのですが・・・（これ，直接対決のポイントのみですね。）
６，シード者優先です。まぁ，対戦前順位という意味でしょう。
７，予選通過順位ですが綺麗な三つ巴でもない限りここまで来ることはないでしょう。
８，予選通過順位が同順はありえないのでこれは無効では？（コメント頂きました，一次予選では発生するそうです。例が昨年のCGPとひまわり）
まぁ，過去に何かしらあって定められたルールですね。
初戦に負けたり引き分けたりすると意外に楽に予選通過出来るとか話には聞いてましたがそういうケースもあるのかもしれません。
二次予選は下位（但し奇数位）で抜けた方が美味しいとか懇親会でそういう話もありました。
よく分からないところを教えてくれる方がいらっしゃれば是非お願いします。参考資料の提示で十分です。
関係ないですが，クジラちゃんとは午前中に当たる方がよいってのは事実ですね。
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参考ページ
リーグ戦 - Wikipedia
スイス式トーナメント - Wikipedia
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追記
以下のところで，スイス式トーナメントで2位を決めることが危険である議論が述べられていました。
決勝が総当たりなのはきっとそういった配慮なのでしょう。しらんけど。
スイス式トーナメント方式 - 1447141480 - したらば掲示板
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追記２
320手延長より他にすることがあるだろうと私がかねてより提案していたのは持将棋引き分けより千日手引き分けの方がずっと多いはずだって点がひとつ。その際に指し直しが適切ではないかという提案がふたつ目。（理由はもちろん先手後手が公平でないと考えるため）
対戦数を先後2倍にすることや指し直しは時間の都合で出来ないとの回答でした。
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追記３
かずさんのコメントから参考リンクを足しておきます
直前企画: 世界コンピュータ将棋選手権の順位決定方式 | コンピュータ将棋協会blog
